Ubicada en la transición entre el Eje Neovolcánico, la Meseta Central y la Sierra Madre Oriental, la Cuenca del Río Laja se caracteriza por contar con gran diversidad de plantas y animales y por su alto valor de endemismos.

Los tipos de vegetación dominantes son: bosques de encino, encino-pino, pino, matorral espinoso, nopalera, chaparral, pastizal natural e inducido y las zonas ribereñas.

Algunas de las especies de fauna más representativas que se ha registrado en la zona son, Aguililla (Circus cyaneus hudsonius), águila real (Aquila crhysaetos canadensis), Halcón Peregrino (Falco peregrinus), trogon (Euptilotus neonexus), puma o león americano (Felis concolor) y el camaleón (Phrynosoma orbiculare). De las especies de aves acuáticas migratorias tenemos la garza morena (Ardea herodias) y el pelicano pardo (Pelecanus occidentales), este último catalogado en categoría E (Endangered) por National Geographic Society en su publicación Field Guide to the North American Bird.

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